En los años del caudillismo santa anista se mantuvo la llama liberal.

El país se desmoronaba, la irrupción de las 7 leyes constitucional en la década de los 30 del siglo XIX, no cesó la demanda de los sectores que en el país luchaban por la modernización políitca. Los tiempos no eran propicios, la izquierda liberal mexicana navegó mucho tiempo a contracorriente. Los desastres estaban allí y el país se desmoronaba en los tiempos difíciles. La secesión de Texas y Yucatán, luego los intentos de separación e insurrección en Nuevo León y Zacatecas. Las rebeliones indígenas en Yucatán y Nayarit, los asaltos de los indígenas apaches en el norte, asolando poblaciones y saquendo los pueblos. Este es el sentido del conservador Lucas Alamán que dijo, seremos presas de los bárbaros o de las potencias extranjeras. No le faltaba razón.
El caudillismo entró en decadencia cuando el General Santa Ana fue incapaz de sostener la seguridad nacional interna y externa, además de oponerse a las reformas que el país necesitaba de manera urgente. Los hombres de Ayutla se formaron en la oposición contra Santa Ana y en la emergencia de una Reforma Constitucional que modernizara el país. La izquierda liberal, lo mismo que los conservadores conceptuaban al pueblo de una manera imaginaria, como una aspiración,más que como una realidad. Menospreciaban al pueblo porque no existía en ese momento la elevación de principios claramente democráticos. Pero ya se percibían los obstáculos que las instituciones del antiguo régimen repersentaban.
También se ha trabajado mucho como esta percepción despreciaba a las comunidades indígenas y cómo paradógicamente Juárez, indígena zapoteca impulsó con sus colegas leyes que terminaron siendo insoportables para las comunidades indígenas, que sin integración alguna, terminaron siendo no sólo marginadas, sino víctimas de discriminación.
Pero el pensamiento indigenista vino después producto de la crítica y de las consecuencias que trajo la reforma liberal, no necesariamente de la crítica de los conservadores, cuyo objetivo era la preservación de los intereses de la Iglesia.
En este panorama, sin duda fue Valentín Gómez Farías, quién supo diemnsionar la problemática que representaba el poder de la Iglesia católica, quién ostentaba no sólo el monopolio del crédito, las tierras y la educación, sino que ejercía un contrapeso político contra los gobiernos.
Fue la Iglesia, quién activamente opuso la mayor resistencia contra las reformas liberales que modernizarían al país y sobre todo a la necesidad de la secularización social y del Estado.
Como han demostrado los trabajos de Annick Lemperiere y Xavier Guerra, la Iglesia católica ocupaba de manera predominante el espacio no sólo`público, sino que influía decisivamente en la vida privada de la sociedad mexicana. Los gobiernos tardaron mucho en ocupar los espacios públicos que eran del dominio de la Iglesia católica, como lo muestran los nombres de las calles, de las festividades, de el calendario oficial que presidía la vida civil.
A través del monopolio de la educación, la Iglesia podía neutalizar el avance del liberalismo y las ideas políticas, estigmatizaba todo lo que representara un pensamiento civil, no religioso, secular y manipulaba también a sus creyentes. Una de las razones por las cuales el pensamiento liberal se refugió en las lógias masónicas, es porque no podía ejercerse la acción política, más que por las redes que ofrecía la masonería, ante el dominio omnipresente de la Iglesia católica.
Durante los años de la dictadura de Santa Ana, las reformas liberales de Gómez Farías se vieron frenadas en multitud de ocasiones. Como ya hemos referido, fue la crisis de 1847 la que le señaló a la clase política y a la intelectualidad mexicana el peligro de que el país desapareciese, todos, tanto conservadores como radicales respondieron al llamado del país y cambiaron la dictadura de Santa Ana con la revolución de Ayutla encabezada por Juan Álvarez.